Workshop: Secuenciamiento de ADN mediante Nanopore

Nivel del Curso: Intermedio

Duración: 20h

Etiquetas: MinION, Online, Preparación de Librerías, Secuenciamiento

Durante últimos tiempos, surgió un interés creciente en el desarrollo de herramientas y métodos para estudiar la base molecular de procesos biológicos complejos. La secuenciación se ha convertido en una herramienta cada vez más importante en este sentido. La biología molecular y la genómica se enfrentan a una amplia gama de nuevas tareas desafiantes: Desde métodos de secuenciación cada vez más exigentes y precisos, hasta la necesidad de desarrollar herramientas analíticas computacionales más efectivas para el análisis de la enorme cantidad de datos producidos por esas diferentes técnicas.

Descripción

El curso es destinado a usuarios interesados en la tecnología del Secuenciamiento por nanoporos utilizando el dispositivo portátil MinION de la empresa Oxford Nanopore Technologies (ONT).

El secuenciador portátil MinION ha revolucionado el campo del Secuenciamiento de ADN y ARN por la portabilidad y capacidad de generación de largas secuencias (long read), cada Flow cell puede generar de 10 a 30 Gb de datos de secuencia de ADN. El MinION genera datos en tiempo real, permitiendo que el análisis pueda ser realizado durante el experimento y los flujos de trabajo sean versátiles. Su metodología está siendo utilizada en diversos ambientes como en regiones montañosas, en el ártico y en aeronaves espaciales. En este curso se abordará todo el workflow para la ejecución de ensayos con el MinION.

Es deseable que el participante tenga conocimientos previos de técnicas de biología molecular.

Las fechas serán los dias: 25, 26 de junio y 2 de julio del 2022, en el horario de 8am a 1pm.

¿Qué aprenderé?

Aprenderá a realizar experimentos utilizando el MinION, desde la preparación de librerías genómicas hasta el análisis de datos.

Temas de este curso

MODULO 1: PREPARACION DE LIBRERIA

Introduccion a secueciamiento Long-read
Detalles de extraccion de acidos nucleicos para secuenciamiento con nanoporos
Preparacion de librerias por metodos de Ligation y Transposoma.

MODULO 2: ANALISIS DE DATOS

Secuenciación de genomas bacterianos
Secuenciacion de amplicones 16S rRNA
Base Calling y analisis de datos de secuenciacion mediante nanoporos.

Sobre el especialista

Marco E. Mechan Llontop, PhD

Especialista en Secuenciación en Tecnología Nanoporos - MinION

Doctorado en Virginia Tech University (USA) – School of Plant and Environmental Sciences.
Biólogo de la Universidad Nacional Pedro Ruiz Gallo (Lambayeque, Perú).
Su investigación doctoral desarrollo métodos de secuenciación en nanoporos para el estudio de filósfera de las plantas y propuso el uso de técnicas de secuenciamiento de nueva generación como herramientas de detección de fitopatógenos.
Actualmente es acreedor del Keegstra Postdoctoral Fellowship otorgado por el DOE-Great Lakes Bioenergy Research Center en la Michigan State University (USA), para investigar la microbiota de cultivos agrícolas con potencial para aplicaciones en bioenergia.